제주시에서는 주식 변동 법인을 대상으로 세무조사를 실시하여 국제선박을 취득 보유한 법인의 과점주주에게 부과한 취득세에 대하여 취득세 부과처분이 부당하다 하여 소송을 제기하였으나 올해 1월 대법원에서 취득세 부과가 정당하다고 최종 승소 판결되어 지방세 7억7000만원을 지켰다.

2017년도 지방세 탈루 및 누락세원을 발굴하기 위해 실시했던 과점주주 취득세 세무조사에서 제주선박등록특구에 등록한 국제선박을 보유한 법인의 과점주주가 되어 취득세를 추징하였으나 당초 국제선박으로 취득세를 감면받았으니 해당 법인의 과점주주가 되었더라도 역시 취득세 감면대상이라며 취득세 부과처분 취소소송을 제기했던 사항이다.

이번 대법원에서 과세관청의 손을 들어줌으로써 전국 사례로 전파하는 계기가 되었고 특히 국제선박 감면 뿐만 아니라 다른 지방세특례제한법상의 감면이 적용되더라도 과점주주가 될 경우 감면을 동일하게 적용할 수 없음을 명확히 함으로써 과점주주 취득세 추징에 정당성과 탄력을 받게 되었다.

앞으로 제주시에서는 지방세 탈루 및 누락세원을 발굴 조사를 체계적으로 추진하고 지방세 관련 소송에도 적극적으로 대처하여 세입관리에 만전을 기하겠다고 밝혔다.